Stowarzyszenie Centrum Polsko – Niemieckie powstało w roku 1992 z inicjatywy grupy historyków, politologów i filologów z Uniwersytetu Jagiellońskiego, Polskiej Akademii Nauk oraz Akademii Pedagogicznej w Krakowie, jak również nauczycieli i dziennikarzy, którzy dostrzegali potrzeb poprawy i intensyfikacji stosunków polsko – niemieckich.
Naszym zadaniem było i jest przedstawianie stosunków polsko – niemieckich, tak blasków, jak i cieni, i przez ich poznanie dążenie do obalenia istniejących po obu stronach uprzedzeń i stereotypów.
Od ponad 15 lat prowadzimy w Krakowie seminaria z dziedziny historii, politologii i kultury dla uczniów, studentów i innych zainteresowanych grup z Polski i z zagranicy, by w ten sposób mieć swój wkład w postępujący proces integracji europejskiej. Sporym sukcesem okazał się organizowany przez Stowarzyszenie w latach 1995 – 1998 konkurs dla szkół średnich Wiedzy o Niemczech.
W połowie lat dziewięćdziesiątych poszerzyliśmy obszar naszych zainteresować na relacje polsko-żydowskie, a efektem tych zainteresowań była wystawa „Żydzi w Polsce. Swoi czy obcy?”. W Centrum Polsko – Niemieckim podejmowane są również inicjatywy naukowe, czego przykładem może być realizowany obecnie projekt mapy elektronicznej Rozwój osadnictwa w dorzeczu Wisły w XII – XX wieku.